La totalidad de las rocas que constituyen el término municipal de Molinos pertenecen a los ciclos sedimentarios alpino y post-alpino, es decir que cronológicamente corresponden al Mesozoico o era Secundaria, y al Cenozoico, predominando sin duda las series secundarias del Cretácico Superior y del Terciario. Sin embargo, el afloramiento cuarcítico-pizarroso de edad primaria en el vecino sector de Montalbán sugiere la presencia de un zócalo Paleozoico en profundidad, bastante próximo a la superficie, que hay que considerar como el basamento a nivel regional.Los materiales del ciclo alpino se depositaron en una antigua cuenca sedimentaria, conformada, precisamente, en rocas paleozoicas y situada en torno a la actual Cadena Ibérica. La cuenca, frecuentemente sumergida bajo un mar poco profundo, fue recogiendo sedimentación a lo largo de toda la era Secundaria. Estas series sedimentarias, que posteriormente serán deformadas y elevadas por la Tectónica Alpina en el Terciario, darán lugar a los relieves más importantes de la Cordillera.
En función de las características litológicas y sedimentológicas pueden establecerse tres conjuntos de materiales, separados por importantes discontinuidades, que cronoesrratigráficamente coinciden con el Triásico-Jurásico Superior, el Cretácico Superior y el Terciario-Cuaternario y que describiremos a continuación apoyándonos en las columnas estratigráficas y cartografía anejas.